DNA čip

DNA čip (často i v našem prostředí nazýván anglickým názvem DNA microarray) je technologie umožňující molekulárně-biologické analýzy výrazně paralelního rázu, především analýzu exprese genů.

Jedná se o destičku (povětšinou skleněnou nebo silikonovou), s mnoha (běžně desetitisíci, výjimečně až miliony) vzorky jednovláken DNA oligonukleotidů. Tyto vzorky se nazývají vlastnosti (features) a každý z nich obsahuje několik molekul jednoho konkrétního DNA oligonukleotidu. Po kontaktu takovéto destičky s testovaným vzorkem - směsí označených DNA oligonukleotidů - molekuly vzorku (nazývané cílové) hybridizují s komplementárními molekulami přichycenými na destičce. Poté jsou (typicky na bázi fluorescence) detekována místa, kde došlo k hybridizaci a je tak zjištěno, jaké molekuly oligonukleotidů vzorek obsahoval.

I jediný experiment produkuje velké množství dat, proto je pro porozumění výsledků takřka vždy nutné použít metody bioinformatiky. Obdobou DNA čipů jsou RNA čipy a proteinové čipy.

DNA microarray

A DNA microarray (also commonly known as DNA chip or biochip) is a collection of microscopic DNA spots attached to a solid surface.

Scientists use DNA microarrays to measure the expression levels of large numbers of genes simultaneously or to genotype multiple regions of a genome. Each DNA spot contains picomoles (10−12 moles) of a specific DNA sequence, known as probes (or reporters or oligos). These can be a short section of a gene or other DNA element that are used to hybridize a cDNA or cRNA (also called anti-sense RNA) sample (called target) under high-stringency conditions. Probe-target hybridization is usually detected and quantified by detection of fluorophore-, silver-, or chemiluminescence-labeled targets to determine relative abundance of nucleic acid sequences in the target.