Lidský proteom zmapován

Výzkumný tým pod vedením profesora Ruedi Aebersolda z ETH Zurich a Institute for Systems Biology v Seattlu poprvé zcela zmapoval lidský proteom pomocí hmotnostní spektroskopie. Údaje jsou odteď k dispozici všem výzkumníkům.

20'300 - uvedený počet si musí zapamatovat každý, kdo bude pracovat s lidským genomem a také s lidským proteomem. Právě tolik proteinů totiž bylo zaznamenáno a identifikováno pomocí hmotnostní spektroskopie v laboratoři experimentální medicíny Institutu for Systems Biology (IBS) v Seattle a vědci z ETH v Curychu. Získané údaje, které vědci označují jako „Gold-Standard-Reference", byly vloženy do databáze.

Mapa by měla výzkum urychlit
„Referenční databázi dáváme k dispozici všem biologům a bioložkám pro další výzkum" říká Aebersold a dodává: „Stejně jako tehdy byly údaje z lidského genomu z Human Genome Project rovněž předloženy všem zainteresovaným odborníkům." Vědci činí své údaje přístupnými prostřednictvím tzv. "ISB / ETH SRMAtlas" (http://www.srmatlas.org/). Tato databáze je součástí Peptidatlas (http://www.peptideatlas.org/), který obě instituce vyvinuly v posledních letech. Vědci představili své údaje poprvé na 9. výroční světové konferenci „Human Proteome Organization" (HUPO), která se v nedávné době konala v Sydney.

Údaje získané pomocí metod hmotnostní spektrometriez proteomů umožní výzkumníkům  určit počet a typ bílkovin v libovolném biologickém vzorku. Jedná se o důležitý pokrok, který povede k významnému zlepšení spolehlivosti a reprodukovatelnosti studia proteomů. Vědci doufají, že výsledky budou hojně využity v základním i aplikovaném výzkumu.

Vypátrat vzácné druhy proteinu

Největší problém představovalo vystopovat vzácné druhy bílkovin a zjistit jejich spektra. Tento problém vyřešily vědci ze skupiny profesora Aebersolda tím, že synteticky vyrobyli fragmenty těchto proteinů a na umělých výrobcích provedli sadu měření. Získaná spektra byla použita jako „zlatý standard" k detekci odpovídajících bílkovin v libovolném vzorku.

Na projektu se podíleli Ruedi Aebersold z Institut für molekulare Systembiologie na ETH Zurich a zástupci ISB, jehož spoluzakladatelem je sám Ruedi Aebersold.

Přeložila: Dina Velichová

___________________________________________________________________________

Použité zdroje:

Převzato z: Peter Rüegg, Menschliches Proteom komplett kartiert. In:ETH life [online] cit. 29. 9. 2010.

Další použité zdroje:

peptideatlas, PeptideAtlas. In: peptideatlas [online] cit. 29. 9. 2010.

Adam Bonislawski, SB, ETH Zurich. Complete Initial Draft of SRMAtlas Covering Entire Human Proteome. In: genomeweb [online] cit. 29. 9. 2010.

HUPO, Welcome to the HUPO 9th Annual World Congress. In: hupo2010 [online] cit. 29. 9. 2010.

Laboratoř experimentální medicíny, Hmotnostní spektroskopie. In: lem.ocol [online] cit. 29. 9. 2010.

ČSBMB, Co je proteomika. In: cz.proteo [online] cit. 29. 9. 2010.

Obrazové přílohy:

Ruedi Aebersold - Bild: Peter Rüegg / ETH Zürich http://www.ethlife.ethz.ch/archive_articles/100921_nachgefr_aebersold_per/index

Mapování proteinů - http://www.stat.rice.edu/~marina/research.html