Datum: 28.8.2015
Vědci si připravili speciální software a vydali se s ním rybařit do genomových databází. V jejich osidlech přitom uvízlo téměř 12 500 doposud neznámých virů bakterií a archaeí.
Podle šéfa výzkumu Matthewa Sullivana z Ohijské státní univerzity bakterie a archaea zásadně ovlivňují život na celé planetě. A samy jsou zase zcela zásadně ovlivňovány viry, přičemž jejich působení na bakterie a archaea je stále z velké části neznámé.
Tak velký poklad nových virů bakterií a archaeí by teď měl umožnit hlouběji prozkoumat jejich vzájemné vztahy. Klíčovou roli v pochytání nových virů sehrálo software VirSorter, které vyvinul Sullivanův kolega Simon Roux.
VirSorter projíždí běžně dostupné databáze mikrobiálních genomů a hledá v nich sekvence podobné sekvencím ze známých genomů virů. Soustředí se přitom například na sekvence podobné genům, o nichž se ví, že se podílejí na stavbě kapsidy, tedy proteinového obalu virových částic.
Pointa je podle Rouxe v tom, že bakterie kapsidy nevytvářejí, takže by každý kapsidový gen, který bude objeven v genomu bakterií nebo archaeí, měl pocházet z nějakého viru. VirSorter takové geny hledá a pak k nim přiřazuje geny, které jsou na první pohled podezřelé – například doposud neznámé, nápadně krátké anebo geny s divnou strukturou. O takových genech pak VirSorter předpokládá, že nepatří mikrobům, ale jejich lstivým virovým parazitům.
Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.
Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.
Více informací najdete zde:
Gate2Biotech - Biotechnologický portál - Vše o biotechnologiích na jednom místě.
ISSN 1802-2685
Tvorba webových stránek: CREOS CZ
© 2006 - 2024 Jihočeská agentura pro podporu inovačního podnikání o.p.s.
Zajímavé články s biotechnologickým obsahem:
Věda - Dějiny vědy, historie vědy na Wikipedii
Zaměstnání poptávka - Poptávkový formulář pro zaměstnavatele. Uveřejnění inzerátu zdarma.
Zařízení pro biofiltraci vzduchu využívá mikroorganismy
Hydromedúzka si regeneruje chapadla za pár dní. Jak to dělá?