Skákající geny pomáhají rostlinám s adaptací na extrémní podmínky

Skákající geny čili transpozony, jsou sekvence DNA, které dovedou kopírovat samy sebe a skákat tím mezi různými oblastmi genomu, podle nového výzkumu podstatně přispívají k adaptacím rostlin na náročné situace.

Japonští badatelé Okinawa Institute of Science and Technology (OIST) a Center for Sustainable Resource Science, RIKEN zjistili, že modelová rostlina huseníček rolní (Arabidopsis thaliana) exprimuje tisíce hybridních sekvencí, které spojují běžné sekvence se skákajícími geny.

Huseníčky přitom mění expresi těchto hybridních „genů“ v rámci odpovědi na environmentální stres, jako je třeba horko nebo přítomnost patogenů. Výsledky výzkumu mohou přispět k vývoji nových typů plodin, které lépe obstojí v ekologicky náročných situacích.

Jak uvádí vedoucí výzkumu Jeremy Berthelier, rostliny a živočichové obvykle využívají genetické mechanismy k tomu, aby drželi transpozony na řetězu. Jejich aktivita může být nebezpečná, když se zkopírují na důležitá místa v genomu a vyvolají tam problémy.

Přesto se ukázalo, že huseníček exprimuje tisíce hybridních geno-transpozonových transkriptů. Vznikají tak, že transpozon skočí do oblasti genu a pak se exprimuje společně s ním.

Badatelé odhalili tyto hybridní transkripty pomocí pokročilé metody Direct RNA Sequencing, která umožňuje číst dlouhé RNA sekvence. Poté s využitím vlastního výpočetního nástroje ParasiTE geno-transpozonové transkripty klasifikovali podle toho, jaký vliv měl transpozon na dotyčný gen.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Zdroj obrázku: Okinawa Institute of Science and Technology.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: