Nový hojný fág vyloven z metagenomů lidských výkalů

Jak se zdá, běžně nás obývají viry, o nichž stále nevíme. Tým vedený odborníky ze Státní univerzity v San Diegu zjistil, že ve více než polovině lidstva žije doteď neznámý bakteriofág, pojmenovaný crAssphage.

Podle čerstvé studie v časopisu Nature Communications dotyčný binfikuje běžné střevní bakterie z linie Bacteriodetes, které v současné době podezříváme ze spojení s obezitou, cukrovkou a podobnými poruchami metabolismu.

Šéf výzkumného týmu, bioinformatik Robert Edwards a jeho kolegové se prohrabávali daty z předešlých studií virů obývajících lidská střeva. V sekvencích z výkalů 12 různých jednotlivců si najednou všimli výrazného kusu virové DNA o délce kolem 97 tisíc párů bází, který se vyskytoval ve všech 12 vzorcích. Když Edwards a spol dotyčnou fekální sekvenci porovnali s databází sekvencí všech známých virů, tak zjistili, že tam není.

Vědci ji pak prohnali databází projektu NIH Human Microbiome Project (HMP) a také databází Národní laboratoře Argonne MG-RAST. Ukázalo se, že fág crAssphage je v lidských výkalech úplně běžný.

Člen týmu John Mokili poté použil technologii DNA amplifikace a vystopoval s ní sekvenci viru v původních vzorcích, které byly použity při tvorbě databáze projektu Human Microbiome Project. Vědci teď mají v ruce hmatatelný důkaz, že nejde o šálení počítačových analýz sekvencí a že fekální bakteriofág doopravdy žije ve střevních bakteriích mnohých z nás.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: