Kapesní čtečka MinION přečetla RNA nejkomplikovanějšího genu

Vědci Connecticutské univerzity přečetli RNA genu, který má ze všech známých genů nejkomplikovanější produkci svých variant, a použili k tomu nanopórovou čtečku, která není větší než chytrý telefon.

Genomici z Institutu systémové genomiky se spojili s britskou společností Oxford Nanopore Technologies, aby předvedli schopnosti nanopórové čtečky sekvencí MinION. Tato čtečka by měla číst sekvence rychleji, přesněji a hlavně mnohem laciněji, než standardní technologie čtení DNA.

V genomu jsou některé geny exprimovány vždy v jedné jediné variantě, u jiných genů ale může být takových verzí překladu do RNA velké množství. Vědci by rádi věděli, kterou verzi genu organismus exprimuje, u komplikovaných genů je to ale nesmírně obtížné zjistit.

Brentom Graveley a jeho kolegové si nastavili laťku opravdu hodně vysoko a rozhodli se, že čtečku MinION otestují na genu, který je překládán do největšího počtu známých variant. Jde o gen Down Syndrome cell adhesion molecule 1 (Dscam1), který se u octomilek podílí na propojení nervových buněk. Může vytvořit až 38 016 variant RNA, což je více než dvojnásobek celkového počtu genů octomilky. Každá octomilka by teoreticky mohla používat jakékoliv z těchto verzí.

Badatelé vytáhli RNA z mozku octomilek, přeložili ji zpět do DNA, izolovali DNA variant genu Dscam1 a pak ji prohnali nanopórovou čtečkou MinION. V tomto jediném experimentu se jim povedlo odhalit celkem 7 899 variant genu Dscam1, je prý ale docel dobře možné, že octomilky experimují úplně všechny varianty RNA podle genu Dscam1.

Lidé podle Graveleyho nevěřili, že by MinION mohl fungovat. Teď se přesvědčivě ukázalo, že se kapesní nanopórová čtečka uplatní i při výzkumu těch nejkomplikovanějších genů.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: