Jak ulovit nové rozkladače celulózy?

Klíčovým vybavením rybáře pro muškaření je sbírka rozmanitých návnad. Každou z návnad tvoří peří, dráty, korálky nebo další materiály, které napodobují určitý typ hmyzu či typ pohybu kořisti. A každá z těchto návnad je určená k přilákání specifické kořisti.

Tanja Woyke z amerického institutu Joint Genome Institute (JGI) ministerstva energetiky a její tým využili podobný postup, když pátrali po nových bakteriálních rozkladačích celulózy pro průmyslové zpracování biomasy.

Díky analýzám jednotlivých buněk (single-cell screen) byli schopni identifikovat bakterie, které mají požadované vlastnosti. Když tento nový postup otestovali na společenstvu mikrobů z geotermálních horkých pramenů, tak přitom odhalili nový druh bakterie, provizorně pojmenovaný Cellulosimonas argentiregionis, který dokáže rozkládat celulózu. Zároveň se ale vyskytuje jen v nízkých počtech, takže doposud unikal pozornosti.

Výzkum týmu Woykeové ukazuje, jak mohou být funkční analýzy jednotlivých buněk užitečné při hledání mikrobů s určitou ceněnou vlastností. Nová metoda se teď může stát nástrojem i pro molekulární ekology, kteří studují diverzitu bakteriálních enzymů. A mohla by přinést množství aplikací v průmyslových procesech, které zahrnují mikroby.

Tým Joint Genome Institute popisuje novou metodu, použitou k izolaci bakterií schopných rozkládat celulózu jako nahození návnady a zaseknutí úlovku. Nejprve bakteriím předhodili návnady v pohodě fluorescenčně značených částic celulózy a pak je zasekli na háček prostřednictvím třídění buněk citlivého na fluorescenci. Následně pak namnožili a přečetli jejich genomy.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: