DNA assembler odhaluje tajemství bakteriálního genomu

Vědci z Illinojské univerzity v Urbaně-Champaigni nápaditě využili čerstvou metodu editace DNA k průzkumu skrytých funkčních komplexů uvnitř bakteriálního genomu.

Bakterie jsou mistři v přežití a jejich genomy obsahují krizové plány pro řešení rozmanitých situací v prostředí. Tak jako když si malíř na paletu připraví jen ty barvy, které hodlá aktuálně použít při malování, tak i bakterie exprimuje jen ty geny a vytváří jen takové sloučeniny, které potřebuje v aktuálním prostředí. Bylo by to od nich plýtvání energií, kdyby vyráběly produkty, které zrovna nepotřebují.

Šetření energií je pro bakterie rozhodně výhodné, pro vědci studující bakteriální metabolismus je to ale dost problém. Huimin Zhao a jeho kolegové to vzali jako výzvu. Vyšli z toho, že podle analýz sekvencí bakteriální genomy zahrnují zřejmě celou řadu kryptických funkčních komplexů, které se zatím úspěšně skrývají před našimi zraky. Podle všeho se projeví jenom tehdy, když se objeví ten správný signál a bakterie spustí expresi příslušných genů.

Výzkum podobných kryptických mechanismů a skrytých seskupení genů se obvykle dělá tak, že vědci bakterie vystaví celé škále extrémů v prostředí a doufají, že se trefí do správné situace. Zhangova skupina na to šla jinak. Zkusili použít novou techniku editace DNA, zvanou DNA assembler, kterou nedávno vyvinuli právě ze Zhaově laboratoři. S její pomocí nasázeli do genomu aktinomycety Streptomyces griseus promotory mezi podezřelé geny a tím je donutili k činnosti. Prostudovali tak aktivitu kryptického seskupení genů pro biosyntézu PTM (Polycyclic Tetramate Macrolactam).

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: