Vědci vypustili TIGERa na malé nukleové kyseliny sRNA

Malé RNA (anglicky small RNA nebo sRNA) jsou útržky ribozomální nukleové kyseliny, které tvoří méně než 200 nukleotidů. Obvykle jsou nekódující a netvoří se podle nich DNA. Přesto hrají v buňkách a organismech nesmírně významnou roli, především jako regulační molekuly. Velmi významné jsou i pro lidskou medicínu. 

V organismech se vyskytuje ohromné množství těchto krátkých RNA. Zatím je ale známe jenom velmi málo a vědci na nich v současné době intenzivně pracují. Používají k tomu zejména pokročilé čtení sekvencí RNA (sRNA-seq). Jejich úsilí ale často vázne na nedostatku vhodných nástrojů, s nimiž by bylo možné identifikovat a analyzovat rozmanité malé RNA ve výstupech ze čtení sekvencí.

Kasey Vickers z americké Vanderbiltovy univerzity a jeho spolupracovníci vyvinuli novou analytickou metodu pro zpracování sekvencí malých RNA v mimobuněčném prostoru, kterou nazvali zvučně TIGER (Tools for Integrative Genome analysis of Extracellular sRNAs).

Fungování TIGERa předvedli na zpracování dat ze čtení sekvencí těchto krátkých RNA získaných z myších lipoproteinů, žluči, moči a jater. V těchto datech TIGER identifikoval 60 až 85 procent přítomných krátkých RNA. Vědci přitom zjistili, že v podstatná část mimobuněčných krátkých RNA v tomto případě pocházela z bakterií mikrobiomu myši nebo z bakterií v okolním prostředí.

Autoři jsou s výsledky spokojeni. Při práci objevili nový lipoprotein, nové krátké RNA z tělních tekutin myši, a rovněž ukázali, že TIGER je solidním nástrojem pro výzkum krátkých RNA.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: