Vědci konečně přečetli komplikovaný genom cukrové třtiny

Cukrová třtina zůstávala poslední významnou plodinou, jejíž genom jsme ještě nepřečetli. Důvodem byla jeho velikost a rovněž jeho značná složitost. Genom cukrové třtiny totiž tvoří 10 až 12 kopií od každého chromozomu. Čtení genomu třtiny bylo natolik problematické, že vědci nemohli používat konvenční metody čtení sekvencí. 

Nedávno ale konečně pokročil ve čtení genomu cukrové třtiny tým pod vedením francouzské výzkumné agentury CIRAD. Je to velký úspěch a v budoucnu značný přínos pro šlechtitele i pěstitele této všestranné plodiny. Radost budou mít především v cukerném průmyslu a v průmyslu zpracování biomasy.

Tým CIRADu se při čtení genomu třtiny inspiroval postupem, který byl dříve využit při čtení genomu čiroku, který je cukrové třtině příbuzný. A struktura genomu třtiny a čiroku je podobná. Vedoucí výzkumu Olivier Garsmeur a jeho kolegové postupovali tak, že použili již přečtený genom čiroku jako šablonu, podle které pak sestavovali genom cukrové třtiny. Díky tomuto postupu badatelé přečetli sekvenci genomu cukrové třtiny kultivaru R570 z Réunionu, ve velmi dobré kvalitě.

Výsledkem snažení týmu CIRAD je monoploidní referenční sekvence, která představuje zásadní krok ke kompletnímu přečtení genomu cukrové třtiny, a také k analýzám rozmanitých odrůd této plodiny. Podle dosavadních zkušeností získání referenční sekvence znamená velký posun v genomice a vůbec v genetickém výzkumu dotyčného druhu.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: