V sítích lovců sekvencí z databází uvízla spousta nových virů

Vědci si připravili speciální software a vydali se s ním rybařit do genomových databází. V jejich osidlech přitom uvízlo téměř 12 500 doposud neznámých virů bakterií a archaeí.

Podle šéfa výzkumu Matthewa Sullivana z Ohijské státní univerzity bakterie a archaea zásadně ovlivňují život na celé planetě. A samy jsou zase zcela zásadně ovlivňovány viry, přičemž jejich působení na bakterie a archaea je stále z velké části neznámé.

Tak velký poklad nových virů bakterií a archaeí by teď měl umožnit hlouběji prozkoumat jejich vzájemné vztahy. Klíčovou roli v pochytání nových virů sehrálo software VirSorter, které vyvinul Sullivanův kolega Simon Roux.

VirSorter projíždí běžně dostupné databáze mikrobiálních genomů a hledá v nich sekvence podobné sekvencím ze známých genomů virů. Soustředí se přitom například na sekvence podobné genům, o nichž se ví, že se podílejí na stavbě kapsidy, tedy proteinového obalu virových částic.

Pointa je podle Rouxe v tom, že bakterie kapsidy nevytvářejí, takže by každý kapsidový gen, který bude objeven v genomu bakterií nebo archaeí, měl pocházet z nějakého viru. VirSorter takové geny hledá a pak k nim přiřazuje geny, které jsou na první pohled podezřelé – například doposud neznámé, nápadně krátké anebo geny s divnou strukturou. O takových genech pak VirSorter předpokládá, že nepatří mikrobům, ale jejich lstivým virovým parazitům.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: