Umělá inteligence vystopovala téměř 6 tisíc nových virů

Mnohé viry je velmi nesnadné studovat, protože se nám nedaří je pěstovat v laboratorních podmínkách. Umělé inteligence nám teď usnadní zkoumání sekvencí neznámých virů z prostředí. 

Už víme, že viry ovlivňuje prakticky vše kolem nás, počínaje lidským zdravím až po rozkládání odpadu na skládkách. Problém je v tom, že velkou většinu virů nedokážeme studovat v laboratoři, protože neumíme vyhovět jejich nárokům. Podobné je to s bakteriemi a dalšími mikroorganismy, tak ale alespoň můžeme hledat a studovat jejich sekvence. To je u virů velmi komplikované, protože mají často velice malé genomy, které nesmírně rychle mutují. Jako kdybyste rukama chytali kouř.

V poslední době je populární lovit sekvence neznámých mikroorganismů v extrémních i běžných prostředích. Při jejich identifikaci vědci používají známé sekvence a podle nich zjišťují, co by nově objevené sekvence mohly být zač. U virů tenhle přístup ale moc nefunguje, protože jejich genomy jsou na to dost malé a dost proměnlivé.

V takové situaci se lidským odborníkům hodí pomoc umělých inteligencí. Když jsou takové inteligence nakrmené vhodnými data a dostatečně vycvičené, tak pak mohou autonomně vyhledávat zajímavé sekvence, třeba nové, doposud neznámé druhy virů v prostředí. Rozpoznají je v datech lépe než lidé.

Bioinformatik Simon Roux z DOE Joint Genome Institute (JGI) ve Walnut Creeku, Kalifornie, vycvičil umělou inteligenci tak, že vyhledávala sekvence virů ze skupiny Inoviridae. To jsou podivuhodné viry vláknitého tvaru s jednořetězcovou DNA, které infikují bakterie. Často mohou měnit projevy infikované buňky, například způsobí, že původce cholery Vibrio cholerae je více toxický než obvykle.

Než se Roux pustil do práce, tak jsme těchto virů znali asi tak stovku druhů. Na nedávném mítinku organizovaném JGI oznámil, že se svou umělou inteligencí vystopoval téměř 6 tisíc nových druhů virů skupiny Inoviridae.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: