Umělá inteligence hledá fosilní RNA viry v lidském genomu

Tým japonských badatelů použil algoritmy strojového učení ke hledání starobylých pozůstatků RNA virů v lidském genomu. Genom je jako profil fosilních vrstev, v němž se ukrývá spousta zajímavých věcí.

Již dříve vyšlo najevo, že když je nějaký organismus infikován virem, tak může dojít k tomu, že se genetická informace viru začlení do genomu hostitelské buňky. Občas se stává, že se taková změna stane dědičnou. Týká se to samozřejmě i člověka a fosilie dávných virů máme i v lidském genomu.

Pátrání po takových fosiliích v genomu je komplikované. Genomy bývají obrovské a evoluce postupně stírá znaky, podle nichž je možné fosilní virové sekvence odhalit. Vědci proto do tohoto náročného pátrání zapojili umělou inteligenci.

Pro tento úkol ji vycvičili na sekvencích RNA ze známých ne-retrovirových endogenních elementů v genomu pocházejících z RNA virů. Po výcviku ještě vědci umělou inteligenci vyladili, aby omezili falešně pozitivní detekce. Pak inteligenci vypustili na lidský genom a objevili cca 100 podezřelých případů. Většina z nich už byla dříve objevena. Nakonec ale detekovali jeden fosilní pozůstatek RNA viru, který byl doposud neznámý.

Vědci se pak mrkli na genomy šimpanzů a kosmanů, jestli je tato sekvence i v nich. A byla tam. To naznačuje, že jsme vystopovali opravdu dávnou infekci, ke které došlo minimálně před 143 miliony let, tedy na samotném počátku období křídy, kdy žil společný předek lidí, šimpanzů a kosmanů. Všichni dodnes máme v DNA „vzpomínku“ na tuto událost.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: