Ultraminiaturní bakterie ukrývaly šikovné varianty editoru CRISPR

Vědci Kalifornské univerzity v Berkeley objevili nové jednoduché verze systému CRISPR, které jsou podobné momentálně nejslavnějšímu genomovému editoru CRISPR/Cas9. Nalezli je u neprozkoumaných bakterií, které doposud vzdorovaly snahám o pěstování v laboratoři. 

Nově objevené genomové editory jsou velmi úsporné a kompaktní. Není ostatně divu, pocházejí z buněk ultraminiaturních bakterií, které náležejí k těm nejmenším na planetě. Pokud se genetickým inženýrům povede využít tyto editory podobně jako CRISPR/Cas9, tak se s nimi bude vzhledem k menší velikosti mnohem lépe manipulovat. Mohly by tak rozšířit nabídku nástrojů, které dnes mají genetičtí inženýři a editoři k dispozici.

V editorech CRISPR/Cas představují Cas proteiny nůžky. Když se editor zacílí na požadovanou sekvenci, tak Cas protein přestřihne řetězec DNA. Ačkoliv je to k nevíře, objev dvou nových editorů téměř zdvojnásobil počet jednoduchých, kompaktních a tudíž prakticky využitelných CRISPR systémů, které známe.

Takové použitelné systémy s kompaktními Cas proteiny jsme totiž zatím našli jen čtyři. CRISPR editory Cas9, Cpf1 a C2c1 stříhají DNA a čtvrtý, zvaný C2c2, stříhá RNA. Podle objevitelů jsou takové jednoduché CRISPR systémy vzácnější než šafrán. Prohledali ohromné množství dat, zahrnujících asi 150 milionů proteinů, a objevili jenom dva nové editory, s proteiny, které nazvali CasX a CasY. Také se jim povedlo objevit první CRISPR/Cas9 editory u nepatrných nanoarchaeí.

Odborníci se domnívají, že CRISPR systémy, které fungují jako získaná imunita bakterií vůči fágům, má k dispozici asi 40 procent kultivovatelných bakterií a většina archaeí. Jenže naprostá většina z nich používá neohrabané editory CRISPR, které stříhají DNA pomocí velkého komplexu Cas proteinů. Nově objevené editory s proteiny CasX a CasY mají cenu zlata.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: