Nový nástroj pro masovou vizualizaci transkriptomů

Japonští bioinformatici z centra RIKEN vyvinuli nový, volně dostupný software ZENBU, který umožňuje snadno a rychle dát dohromady, vizualizovat a porovnat velké objemy genomových dat.

V dnešní době se na nás valí záplava dat z výkonných sekvenátorů. Pro jejich interpretaci je důležité porovnávat genomy a transkriptomy v celé jejich šíři. Vzhledem ke stále rostoucímu objemu datových souborů to je ale obtížnější a obtížnější.

Jessica Severin a její kolegové popsali v časopise Nature Biotechnology software ZENBU, což je nástroj, který kombinuje prohledávání genomu s analýzou a přehlednou vizualizací dat. Od svých předchůdců se ZENBU liší hlavně ve schopnosti dynamicky kombinovat tisíce datasetů v interaktivním prostředí vizualizace. Prostřednictvím ZENBU lze také porovnávat vlastní data s více než 6 tisíci datasetů projektů ENCODE a FANTOM, které už jsou součástí systému ZENBU.

Nástroj je navržený tak, že zvládne pojmout miliony datasetů různého druhu (podle protokolů jako RNA-seq, ChIP-seq nebo CAGE). Od toho se odvozuje i jeho jméno, které v japonštině znamená „všechno“.

ZENBU je volně dostupný online i pro stažení a fungování na internetu. Lze si ho nainstalovat v laboratoři a pak sdílet data se všemi stanicemi systému ZENBU po světě. K dispozici je na adrese http://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/.

Autor: RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.

Líbil se Vám tento článek? Doporučte jej svým známým.

Více informací najdete zde: